Những đóng góp đáng kể trong cuộc đời binh nghiệp hơn 40 năm của ông là
thời điểm cuối tháng 12-1972, những ngày đêm oanh liệt và hào hùng nhất
của dân tộc ta. Với cương vị Phó Tổng Tham mưu trưởng, đặc trách cuộc
chiến đấu chống chiến tranh phá hoại của Mỹ đối với miền Bắc, ông là một
trong những người cùng Tổng Tư lệnh, Bộ Tổng Tham mưu chỉ đạo, chỉ huy
toàn quân mà trực tiếp là Quân chủng Phòng không - Không quân đánh thắng
cuộc tập kích chiến lược bằng B-52 của Mỹ vào Hà Nội, Hải Phòng, làm
nên một Điện Biên Phủ trên bầu trời Hà Nội.
Về nhiệm vụ nặng nề, quan trọng và khó khăn này, ông có phần đóng góp
tích cực và được coi là linh hồn của cuộc chiến. Nhận chức Tư lệnh Phòng
không năm 1961-1962, ông được Bác Hồ nhắc nhở: "Chú là Tư lệnh Phòng
không, vậy chú đã biết gì về B-52 chưa?... Là Tư lệnh Phòng không, ngay
từ bây giờ, chú phải theo dõi chặt chẽ và phải thường xuyên quan tâm đến
loại máy bay B-52 này". Tháng 10-1963, trở thành Tư lệnh Quân chủng
Phòng không - Không quân, nhớ lời Bác dạy, ông chỉ thị cho cơ quan tác
chiến, quân báo, bằng mọi cách thu thập toàn bộ tính năng, tác dụng của
loại pháo đài bay này. Và một câu hỏi luôn bám vào đầu ông, cả trong bữa
ăn và trong giấc ngủ: "Liệu B-52 vào Hà Nội thì sẽ ra sao?". Ngày
18-6-1965, Mỹ sử dụng B-52 ném bom Bến Cát (Tây bắc Sài Gòn), tiếp đó
đánh ra đèo Mụ Giạ, đường 12 Quảng Bình, rồi thường xuyên đánh phá Vĩnh
Linh cũng như chiến trường miền Nam… Tháng 10-1967, ông chính thức nhận
nhiệm vụ Phó Tổng Tham mưu trưởng đặc trách cuộc chiến đấu chống chiến
tranh phá hoại của đế quốc Mỹ. Chủ tịch Hồ Chí Minh gọi ông báo cáo tình
hình và nhắc lại: "Sớm muộn đế quốc Mỹ cũng đưa B-52 ra đánh Hà Nội rồi
có thua mới chịu thua. Phải dự kiến tình huống này càng sớm càng tốt,
để có thời gian mà suy nghĩ, chuẩn bị… Ở Việt Nam, Mỹ nhất định thua
nhưng nó chỉ thua sau khi thua trên bầu trời Hà Nội".
Theo sự chỉ đạo của Bác, năm 1968, phương án đầu tiên đánh trả cuộc tập
kích bằng B-52 của đế quốc Mỹ vào Hà Nội, Hải Phòng ra đời. Trên cương
vị Phó Tổng Tham mưu trưởng, ông tập trung trí lực và nỗ lực chỉ đạo cơ
quan, đơn vị ra sức chuẩn bị mọi mặt, cả vật chất lẫn tinh thần, cho
cuộc chiến đầy cam go với quyết tâm phải bắn rơi tại chỗ B-52 Mỹ nếu
chúng liều lĩnh đánh phá Hà Nội, Hải Phòng. Từ ngày 6-4-1972, Mỹ huy
động không quân, hải quân đánh phá trở lại miền Bắc, cho B-52 đánh phá
TP Vinh, Hải Phòng; thả thủy lôi phong tỏa các cảng ven biển và các cửa
sông miền Bắc... Cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước của nhân dân ta
đứng trước thử thách cực kỳ gay go và quyết liệt. Trước tình hình đó,
ngày 6-7-1972, Phó Tổng Tham mưu trưởng Phùng Thế Tài chủ trì hội nghị
chuyên đề đánh B-52 đã kết luận và chỉ thị: Cần phải đẩy mạnh nghiên cứu
cách đánh B-52 bằng lực lượng và vũ khí hiện có của Quân chủng Phòng
không - Không quân. Đánh trúng, bắn rơi được B-52 là nhiệm vụ cấp bách,
là yêu cầu cao về quân sự, chính trị, ngoại giao. Quân chủng Phòng không
- Không quân phải được chuẩn bị chi tiết cả con người và vũ khí cho
chiến thắng B-52...
Kết quả sự nỗ lực chỉ đạo của Bộ Tổng Tham mưu là chiến công oanh liệt
của dân tộc ta nói chung, của quân dân Thủ đô nói riêng trong 12 ngày
đêm cuối tháng 12-1972, đã viết lên bản anh hùng ca trên bầu trời Hà
Nội, bắn rơi 34 pháo đài bay chiến lược của Mỹ, buộc Mỹ phải ký Hiệp
định Paris, chấm dứt chiến tranh, lập lại hòa bình ở Việt Nam. Trong
chiến công chung của dân tộc, có phần đóng góp to lớn của Thượng tướng
Phùng Thế Tài. Ông được Đảng, Nhà nước tặng thưởng nhiều phần thưởng cao
quý: Huân chương Hồ Chí Minh; Huân chương Quân công hạng Nhất và hạng
Ba; Huân chương Chiến công hạng Nhất. Ông được phong quân hàm Thiếu
tướng năm 1974, Trung tướng năm 1980, Thượng tướng năm 1986…
Người vệ sĩ đầu tiên của Bác Hồ, người con yêu quý của Thủ đô Hà Nội đã
ra đi. Xin thắp nén tâm nhang, kính cẩn nghiêng mình trước vị lão tướng,
người đã suốt đời tận trung với Đảng, tận hiếu với dân trong sự nghiệp
cách mạng vẻ vang của mình.