Báo cáo của Giám đốc Louis Finot ngày 1/2/1900 gửi Toàn quyền Đông Dương về hoạt động của Phái đoàn Khảo cổ Thường trực tại Đông Dương trong năm 1899 khẳng định: Bảo tàng của Phái đoàn Khảo cổ Thường trực tại Đông Dương (sau này là EFEO) phải là bảo tàng của Đông Dương, có nghĩa là tập hợp những gì cho việc nghiên cứu nền văn minh Đông Dương.

Bảo tàng gồm hai bộ phận: Khảo cổ và dân tộc. Bộ phận bảo tàng khảo cổ tiếp nhận những tác phẩm điêu khắc thuộc các công trình đã bị phá hủy hoàn toàn, các tác phẩm điêu khắc không gắn liền với một khu di tích nào đó và dễ bị mất và các văn khắc tách rời.

Các tác phẩm điêu khắc nào mà cần thiết cho việc nghiên cứu có thể cho các kỹ thuật viên bản xứ đã được đào tạo đúc lại theo bản gốc. Bộ phận bảo tàng dân tộc phải phản ánh trung thực nhất và đầy đủ nhất trạng thái xã hội của các tộc người ở Đông Dương. Các hiện vật có thể dưới dạng  nguyên gốc như quần áo, vũ khí, đồ trang sức, nhạc cụ, đồ thờ cúng..., cũng có thể được thu nhỏ lại theo ước định như nhà cửa, xe cộ, dụng cụ câu cá, nông cụ....

Thời gian đầu, bảo tàng của EFEO được đặt tại tầng hầm của trụ sở của EFEO tại 140 đường Pellerin, Sài Gòn (nay là đường Pasteur, TP.HCM) và trong góc vườn Bách Thảo Sài Gòn.
 

Bảo tàng Luis Finot hay Trường Viễn đông Bác Cổ Hà Nội, nay là Bảo tàng lịch sử

Bảo tàng gồm những hiện vật còn sót lại của bảo tàng thuộc chính quyền thuộc địa tại Sài Gòn và những hiện vật của Phái đoàn Khảo cổ: một vài tượng điêu khắc và văn bản khắc Khmer (Bati, Sambor), một số  hiện vật đá Chàm của khu di tích Mỹ Sơn và ở Đà Nẵng, một số hiện vật Trung Hoa và hiện vật dân tộc học. Các hiện vật này để phân tán không được bảo quản.

Cũng trong thời gian này, vào năm 1902,  EFEO đã tham dự cuộc triển lãm được tổ chức tại Hà Nội. Ngoài những hiện vật của bảo tàng của EFEO tại Sài Gòn như sứ Trung Quốc, đồ đồng, ngọc, tranh vẽ... được trưng bày tại triển lãm, còn có các hiện vật của các cá nhân như các văn bản viết tay bằng chữ Hán hay chữ Nôm, các bộ sưu tập tiền và huân chương bằng vàng và  bạc... Nhiều hiện vật sau khi triển lãm đóng cửa đã tặng hoặc bán lại cho  EFEO.

Cho tới năm 1905, các bộ sưu tập Trung Hoa và dân tộc học, các điêu khắc Chàm được chuyển ra Hà Nội. Các điêu khắc Campuchia được chuyển về Campuchia. Một số hiện vật đá Chàm và Khmer để lại Sài Gòn và chuyển giao cho Hội nghiên cứu Đông Dương (Société des études indochinoises)

Trong thời gian 50 năm có trụ sở tại Việt Nam, EFEO đã thành lập và kiểm soát về khoa học các bảo tàng sau:

- Bảo tàng Louis Finot (nay là Bảo tàng Lịch sử Việt Nam). Bảo tàng đầu tiên của  EFEO thành lập năm 1901, được đặt tại tòa nhà Triển lãm Quốc tế Hà Nội (Nhà đấu xảo) từ năm 1902. Năm 1908, bảo tàng được chuyển về địa điểm cũ của Phủ toàn quyền Đông Dương, tại rue de France (nay là phố Tràng Tiền). Năm 1909 dưới sự chỉ đạo của Henri Parmentier, bảo tàng đã được sửa chữa và được gọi là Bảo tàng Khảo cổ và Dân tộc học Hà Nội. Những gian phụ của bảo tàng dùng để chứa các bản văn khắc, làm phòng ảnh và để dự trữ.

Tháng 1/1926, Bảo tàng được xây dựng lại hoàn toàn theo thiết kế của kiến trúc sư Ernest Hesbrard, người được coi là khởi nguồn cho phong cách kiến trúc Đông Dương và là giám đốc Sở Kiến trúc và Quy hoạch Đông Dương, với sự cộng tác của kiến trúc sư Charles Batteur thuộc  EFEO.

Bảo tàng được khánh thành vào ngày 17/3/1932, mang tên ông giám đốc đầu tiên của  EFEO Louis Finot và được coi là một trong những tác phẩm kiến trúc đặc sắc và độc đáo của Đông Dương.

Bảo tàng Louis Finot là nơi lưu giữ và trưng bày các hiện vật khảo cổ, lịch sử và nghệ thuật của các nước vùng Viễn Đông từ Ấn Độ đến Nhật Bản, chủ yếu là hiện vật của các nước Đông Dương.

Theo ông Nguyễn Mạnh Lợi, Giám đốc Bảo tàng Lịch sử Việt Nam,  EFEO đã bàn giao cho Viện Bảo tàng Lịch sử Việt Nam "tất cả những thứ có ở trong ngôi nhà bảo tàng lúc bấy giờ, kể cả kho hiện vật gồm hơn hai vạn tiêu bản là di tích thuộc lịch sử và các nền văn hóa nghệ thuật cổ xưa của Việt Nam và một số nước Viễn Đông".

-  Bảo tàng Henri Parmentier (nay là Bảo tàng Điêu khắc Chàm tại Đà Nẵng). Các bộ sưu tập đầu tiên của bảo tàng được Charles Lemire, công sứ Pháp ở Quảng Nam, tập hợp từ những năm 1885 -1892 và Camille Paris, cựu viên chức bưu điện, sưu tập cho đến năm 1900. Bảo tàng đã được bổ sung thêm bằng các sưu tập của hai vị linh mục Cadière và Durand và của Prosper Odend’hal, sau này là thành viên của  EFEO, và nhất là bằng những hiện vật do Ban khảo cổ EFEO, do Henri Parmentier phụ trách, thăm dò và khai quật được.

Sau khi đàm phán với Chính phủ bảo hộ ở Trung kỳ, EFEO đã bỏ kinh phí xây dựng cho bảo tàng một tòa nhà mới.

Xây dựng xong năm 1916, nhưng do chiến tranh, phải đến năm 1918, bảo tàng mới khánh thành, trưng bày và bảo quản chủ yếu các hiện vật Chàm. Sau này do có thêm nhiều hiện vật do nhiều người đóng góp và những hiện vật của các đoàn khai quật do Jean -Yves Claeys phụ trách ở Trà Kiệu, Tháp Mâm, đòi hỏi phương cách sắp xếp hiện vật phải chặt chẽ hơn và trụ sở phải mở rộng hơn nữa. Các hiện vật đã được sắp xếp theo địa điểm phát hiện và theo niên đại của hiện vật.

Năm 1936, phần mở rộng được hoàn thành và bảo tàng lấy tên người phụ trách Ban khảo cổ đầu tiên của EFEO là Bảo tàng Henri Parmentier.

EFEO kiểm soát chặt về mặt khoa học đối với một số bảo tàng như:

- Bảo tàng Blanchard de la Brosse (nay là Bảo tàng Lịch sử TP.HCM), nằm trong khuôn viên của vườn Bách Thảo Sài Gòn, có kiến trúc mang phong cách phương Đông, tuy không bằng được Bảo tàng Louis Finot. Được khánh thành vào ngày 1/1/1929, mang tên viên thống đốc Nam kỳ đã kí nghị định thành lập bảo tàng vào năm 1927. Bảo tàng trưng bày và bảo tồn các hiện vật quý hiếm  vùng Viễn Đông, đặc biệt là hiện vật nghệ thuật của Khmer được khai quật tại Nam kỳ.

- Bảo tàng Khải Định (nay là Bảo tàng Mỹ thuật Cung đình Huế) thành lập ngày 17/8/1923 theo chỉ dụ của vị Hoàng đế  mà bảo tàng mang tên, nằm trong khuôn viên của cung thành Huế, là một công trình kiến trúc Việt Nam.

Bảo tàng Khải Định (nay là Bảo tàng Mỹ thuật Cung đình Huế)

 Theo Chỉ dụ ngày 24/8/1923, chức năng của bảo tàng là "sưu tập và gìn giữ những mẫu kỉ vật quý nhất của nền nghệ thuật và kỹ nghệ Việt Nam cho các nghệ sĩ và thợ thủ công để các thế hệ sau có thể chiêm ngưỡng được những sản phẩm của tổ tiên".

Các hiện vật nghệ thuật đã thể hiện đời sống xã hội, tinh thần và chính trị của các tầng lớp người Trung kỳ, chủ yếu là của vua quan triều đình Huế. Bảo tàng cũng trưng bày một số cổ vật Chàm và các bộ sưu tập về dân tộc.

- Bảo tàng Khảo cổ Thanh Hóa được thành lập năm 1936 theo một chỉ dụ của vua Bảo Đại, được đặt tại tỉnh Thanh Hóa, một tỉnh có nhiều vết tích thời đại đồng ở Việt Nam, nhất là tại khu di chỉ Đông Sơn.

Bảo tàng đã nhận được từ Hà Nội những hiện vật đã khai quật được ở các tỉnh miền Trung, trong đó có những bộ sưu tập trống đồng Đông Sơn quý giá cùng với các hiện vật do Esmile Pajot, nhân viên thuế quan, cộng tác viên của  EFEO và sau đó đã là quản thủ đầu tiên của bảo tàng, cung cấp.

Ngoài ra ngày 30/4/1932, Toàn quyền Đông Dương đã ký nghị định xây dựng một bảo tàng dân tộc học tại Đà Lạt và giao cho EFEO tổ chức và quản lý. Bảo tàng này có mục đích nghiên cứu và tìm hiểu các nhóm dân tộc ở vùng núi Bắc kỳ, Lào, Tây Nguyên và các dân tộc Việt, Campuchia, Lào...Các hiện vật của bảo tàng đã được thu thập và gửi tại bảo tàng Louis Finot. Nhưng rất tiếc do chiến tranh bảo tàng này chưa được xây dựng. Trong thời gian đó, Bảo tàng Dân tộc học có tên là Bảo tàng Con người (Musée de l’homme) được đặt trong một không gian bảo tàng Maurice Long vào tháng 12/1938 (khu Đấu xảo, nay là Cung văn hóa Hữu nghị), là một phân nhánh của bảo tàng Louis Finot.

Ở Campuchia có Bảo tàng Albert Sarraut tại Phnompenh (nay là Bảo tàng Quốc gia Campuchia) thành lập năm 1905, dành cho nghệ thuật Khmer, Bảo tàng Battambang được thành lập năm 1930 và nhiều bảo tàng ở các địa phương như Prey, Veng, Kompong Speu và Katie. Ở Lào cũng có một số bảo tàng do EFEO kiểm soát về mặt khoa học như Vat Sisakhet....

Tài liệu tham khảo:

- Desescret et Arrêtés concernant l’Ecole Francaise d’Extreme Orient (Các sắc lệnh và nghị định liên quan tới Học viện Viễn đông Bác cổ). Hanoi, F.H. Scheider, 1902.

- 90 năm nghiên cứu về văn hóa lịch sử Việt Nam. Hà Nội, Nxb KHXH- EFEO, 1995.

- Charles Lemire, L’ EFEO à Hanoi (Học viện Viễn đông Bác cổ tại Hà Nội). Hanoi, 1909.
Bulletin des Amies du vieux Huế (Tập san của Hội Đô thành Hiếu Cổ), số 2, năm 1929.

- Catherine Clésmentin-Ojha, Pierre- Yves Manguin, Un siècle pour l’Asie: L’Ecole Francaise d’Extreme - Orient, 1898 -2000 (Một thế kỷ về Châu Á: Học viện Viễn đông Bác cổ). Paris, Les Edition du Pacifice, Ecole Francaise d’Extreme - Orient, 2010.