Đây nguyên là phần đất thôn Yên Hoa thuộc kinh thành Thăng Long thời Lê, đến đầu đời Triệu Trị (1841), Yên Hoa được đổi thành Yên Phụ thuộc tổng Thượng, huyện Vĩnh Thuận, tỉnh Hà Nội.

          Sở dĩ có tên gọi như vậy, vì miếu thờ hai thiếu nữ chết trẻ hiển linh nhưng không ai biết rõ lai lịch, vì vậy, dân bản phường dựng miếu thờ gọi là miếu Hai Cô.

          Di tích được xây theo dạng chữ nhất gồm 3 gian, tường hồi bít đốc, hai đốc mái lợp ngói tây, chính giữa bờ nóc đắp đôi rồng chầu mặt trời, hai đốc mái đắp hai đầu kìm cách điệu. Phía trước xây hai trụ biểu cao khoảng 4m, đỉnh trụ đắp bốn chim phượng chụm đuôi vào nhau tạo thành trái dành cách điệu, các ô lồng đền đắp nổi tứ linh, tứ quý. Thân trụ bổ khung ghi câu đối bằng chữ Hán.

          Mặt trước hai gian bên đắp nổi hình hai võ quan, phía trong hai trụ biểu xây lầu cô lầu cậu. Cửa được làm dạng ván bưng. Ngoài sân để một hòn non bộ tạo cảnh quan cho di tích.

          Bộ khung di tích được làm dạng vì kèo quá giang đơn giản, không có trang trí hoa văn. Gian giữa đặt hai khám và tường thờ Hai Bà Cô, gian bên phải đặt một tượng Mẫu thần chủ đền ngồi trong khám, gian phải đặt tượng và khám thờ Hưng Đạo Đại Vương, hai bên có hai tượng mẫu. Các gian đều có treo hoành phi, cấu đối như:

                   Vĩnh thế thiền lâm hương thuỷ dẫn

                   Thiên thu bồ thụ giác hoa khai

          Tạm dịch:

                   Mãi mãi chốn thiền lâm mạch nguồn dẫn lối

                   Thiên thu Bồ đề thụ giáo hoá chúng sinh

          Hay:

                   Thánh thượng anh linh công hộ quốc

                   Thần cung tráng lệ đức an dân

          Tạm dịch:

                   Thánh thần anh linh bảo hộ cho đất nước

                   Điện thần tráng lệ, che chở giúp muôn dân.

          Hệ thống di vật của di tích như khám thờ, tượng, hoành phi, câu đối được trang trí với các đề tài như: tứ linh, tứ quý, vân mây, rồng chầu… mang những giá trị thẩm mỹ, nghệ thuật nhất định phản ánh nhiều khía cạnh khác nhau của đời sống xã hội đương thời và đây là phần hồn của di tích, tạo cho ngôi miếu mang đúng ý nghĩa của nơi thờ tự.

          Qua nhiều biến thiên của lịch sử, nay di tích vẫn còn. Nó góp phần bổ sung vào kho tàng di sản văn hoá dân gian vùng ven hồ Tây, đồng thời khẳng định sự đa dạng, cởi mở và tràn đầy tính nhân văn của người Việt trong việc ứng xử với các thần linh.

          Sự tích miếu hai cô ở Yên Phụ cũng ít người nhớ đến, nhưng chính sự linh thiêng của miếu  nên rất nhiều người đến dâng hương thể hiện lòng thành kính của mình. Miếu Hai Cô nằm ngay trên mặt đường Yên Phụ, rất thuận lợi cho du khách muốn đến chiêm bái, tham quan. Từ đây cũng có thể xuôi xuống thăm chùa Kim Liên, đình Nghi Tàm, lên Tứ Liên hoặc cũng có thể đi xuống chùa Trấn Quốc, quán Trấn Vũ… trên đường hành hương đi thăm các di tích lịch sử văn hoá vùng ven hồ Tây.

Phương Hoài