Nhận thấy phương thức Ban Giám đốc làm việc trực tiếp với từng cán bộ, trên cơ sở khoán gọn từng vụ việc, dù phát huy tính linh hoạt của mỗi cá nhân nhưng bộc lộ những hạn chế khi triển khai những vấn đề có quy mô lớn, đòi hỏi phải có sự phối hợp và tập trung sức mạnh tập thể. Hơn thế, phương thức quản lý và làm việc này sẽ không đáp ứng được những đòi hỏi của hoạt động xuất bản mang tính bền vững. Tháng 8 năm 2000, Nhà xuất bản Hà Nội lập lại hệ thống phòng ban nhằm tăng cường quản lý nhiều cấp, nhiều mặt, đồng thời tạo ra sự phối hợp để phục vụ những kế hoạch lớn và đưa ra thị trường những sản phẩm có chất lượng ngày càng cao. Ban Giám đốc bổ nhiệm nhà văn Vũ Đức Nguyên làm trưởng phòng Biên tập, đồng chí Phạm Thị Lý làm trưởng phòng Hành chính - Trị sự và họa sĩ Nguyễn Huỳnh Mai làm trưởng phòng Kỹ thuật - Mỹ thuật. Việc tổ chức lại cơ cấu và phương thức làm việc tuy có nhiều bỡ ngỡ, chuệch choạc trong những ngày đầu, song chỉ sau một thời gian ngắn, cung cách làm việc mới đã đi dần vào nền nếp.
Tháng 3 năm 2001, đồng chí Đỗ Ninh nghỉ hưu. Thường vụ Thành ủy bổ nhiệm đồng chí Nguyễn Khắc Oánh làm Giám đốc và điều chuyển đồng chí Đào Thị Dung, chuyên viên Ban Tổ chức Thành ủy, về làm Phó Giám đốc Nhà xuất bản Hà Nội.
Cuối năm 2001, được sự hỗ trợ từ ngân sách thành phố, Nhà xuất bản Hà Nội tiến hành đợt sửa chữa, cải tạo nâng cấp trụ sở làm việc với quy mô lớn. Sau 22 năm kể từ ngày thành lập, Nhà xuất bản Hà Nội mới có một trụ sở tương đối khang trang, đàng hoàng như hiện nay.
Trong thời gian này, nhằm tạo dựng một phương thức làm việc thực sự khoa học, hiện đại để nâng cao chất lượng xuất bản phẩm, Nhà xuất bản Hà Nội đã xây dựng và thông qua được 14 bản quy định, quy chế về các mặt hoạt động của nhà xuất bản: quy chế biên tập, quy trình xuất bản sách, quy chế lưu chiểu, quy chế về lao động tiền lương, tiền thưởng, khen thưởng và kỷ luật… đồng thời, ký hợp đồng lao động với các cán bộ công nhân viên theo đúng quy định của Luật Lao động. Những điều đó đã tác động tích cực đến tác phong, nền nếp làm việc của cán bộ cơ quan. Việc quy định trách nhiệm và khen thưởng, kỷ luật rõ ràng đã góp phần thúc đẩy hiệu suất công việc, hạn chế được các sai sót trong xuất bản phẩm đồng thời tạo ra không khí và tinh thần làm việc mới: chủ động, tự giác, trách nhiệm…
Song song với việc củng cố bộ máy, đào tạo cán bộ, Nhà xuất bản Hà Nội tích cực mở rộng quan hệ hợp tác với các ban ngành của Thành phố cũng như các tổ chức, cơ quan trung ương đóng trên địa bàn Thành phố. Nhờ đó, các xuất bản phẩm được nâng cao cả về số lượng và chất lượng, vừa đa dạng, phong phú về thể loại phục vụ kịp thời những nhiệm vụ chính trị của Thành phố, vừa đáp ứng tốt hơn yêu cầu của xã hội.
Để nâng cao chất lượng các ấn phẩm cũng như đẩy mạnh hoạt động xuất bản, Nhà xuất bản đã tổ chức nghiên cứu khoa học. Trong 3 năm (từ 2002 đến 2004), Nhà xuất bản Hà Nội đã đăng ký với Sở Khoa học Công nghệ hai đề tài nghiên cứu khoa học cấp thành phố:
1) Nâng cao chất lượng công tác xuất bản sách chính trị - xã hội của thủ đô Hà Nội. Mã số: 01X11/02-2002-1.
2) Nghiên cứu đề xuất các giải pháp nâng cao tính chính trị trong việc xuất bản sách trên địa bàn Hà Nội. Mã số: 01X-11/07-2003-2.
Với hai đề tài này, Nhà xuất bản Hà Nội đã rút ra những bài học lý luận và nhất là tìm được những giải pháp hiệu quả cho hoạt động xuất bản. Đây cũng là dịp để cán bộ cơ quan tự nâng cao bản lĩnh chính trị, ý thức trách nhiệm và trình độ chuyên môn một cách thiết thực.
Sau hơn hai năm hoạt động theo cơ chế mới, lãnh đạo Nhà xuất bản Hà Nội tiến hành điều chỉnh, củng cố bộ máy tổ chức cán bộ. Ban Giám đốc quyết định tách bộ phận kế toán - tài vụ (nằm trong phòng Hành chính - Trị sự) lập thành phòng độc lập và giải thể phòng Kỹ thuật - Mỹ thuật hoạt động kém hiệu quả, đưa cán bộ về hai phòng Biên tập và Hành chính - Trị sự.
Là nhà xuất bản duy nhất của Thủ đô, Nhà xuất bản Hà Nội đã sớm đề xuất một dự án quy mô lớn - Tủ sách Thăng Long ngàn năm văn hiến. Cuối năm 2004, Dự án được Chính phủ và Thành phố xem xét phê duyệt.
Sau khi đã vượt qua những khó khăn, trở ngại để tồn tại rồi trụ vững trong kinh tế thị trường, Nhà xuất bản Hà Nội tiếp tục điều chỉnh, tự hoàn thiện để tạo ra bước phát triển trong diện mạo mới từ cơ cấu tổ chức đến cơ sở hạ tầng, trang thiết bị. Nhà xuất bản tuân thủ sự lãnh đạo của Thành ủy và sự quản lý của ủy ban nhân dân Thành phố, vừa bám sát chức năng nhiệm vụ của một nhà xuất bản Thủ đô, liên hệ chặt chẽ với các sở ban ngành của thành phố; vừa không ngừng mở rộng phạm vi hoạt động trên thị trường sách cả nước. Nhà xuất bản Hà Nội đã có được vị trí nhất định trong đời sống chính trị - văn hóa - xã hội của Thủ đô với một tâm thế mới.
Phòng Biên tập (tổng hợp)
Nhà xuất bản Hà Nội