Căn cứ vào kiến trúc, chùa được xây dựng từ lâu đời. Đến năm Cảnh Thịnh 2 (1794), dân làng đã góp tiền đúc quả chuông đồng có chữ Mật Dụng hồng chung (Chuông làng Mật Dụng). Năm Minh Mệnh 4 (1823), chùa được tu bổ lại, xây thêm gác chuông, tô vẽ tượng Phật.

Không gian kiến trúc Chùa Mật Dụng khá thoáng đãng, bao gồm tam quan, sân gạch, bái đường năm gian, thượng điện hai gian. Kết cấu chùa theo kiểu chữ đinh. Sau chùa là điện thờ Tam phủ và nhà thổ.

Chùa quay về hướng nam nằm trên một khu đất cao bằng phẳng của thôn Đông xưa. Từ ngoài vào, thứ tự của kiến trúc như sau: Cổng tam quan có 4 trụ lớn, trên trụ xây hình trái giành. Chùa chính làm theo kiểu chữ Công gồm tiền đường, nhà thiêu hương và hậu cung. Nhà tiền đường gồm 5 gian, 2 chái lợp ngói ta, bít đốc, vì kèo kiểu chồng rường giá chiêng hạ kẻ, chạm khắc gọn và sắc nét. Nhà thiêu hương có 2 gian. Hậu cung 3 gian, 2 chái xây gạch vồ vững chắc, cao hơn tiền đường 0,60m. Song song với hậu cung là 2 dãy tịnh xá, 6 gian, nối tiền đường với nhà Tổ. Nhà Tổ, nhà thờ Mẫu 7 gian, kiến trúc đơn giản thờ các vị sư tổ của chùa và tam phủ (còn gọi là điện Lưu Ly). Đây là một công trình khép kín còn nguyên vẹn.

Cách bài trí tượng Phật trong chùa cũng giống như các chùa khác trong vùng. Ở vị trí cao nhất sát hậu cung là 3 vị Tam thế, khuôn mặt nữ, ngồi trên toà sen. Lớp thứ hai gồm tượng A Di Đà lớn, hai bên là tượng Quan Thế Âm và Đại Thế Chí. Tiếp dưới có tượng Phật nhập Niết bàn, hai bên là hai vị Bồ Tát cưỡi trên lưng Thanh sư và Bạch tượng. Sau nữa là tượng Di Lặc, hai bên là tượng Bồ Tát và Ngọc Hoàng. Ngoài cùng là tượng Cửu Long và Nam Tào, Bắc Đẩu. Dịch ra ngoài, sát nhà thiêu hương là hai dãy Thập điện Diêm Vương. Những pho tượng ở nhà tiền đường là Đức Ông, Giám Trai và hai pho tượng Khuyến Thiện, Trừng Ác. Tổng số tượng còn lưu giữ trong chùa là 52 pho. Ngoài ra chùa còn có một chuông đồng đúc năm Cảnh Thịnh thứ 2 (1784), trên có bài minh 1.000 chữ. Đây là quả chuông vào loại lớn và khá cổ.  Chùa còn lại 4 bức hoành phi, 11 câu đối, 2 bài thơ, 4 cửa võng, tất cả đều sơn son thếp vàng, nét chạm ở triều Nguyễn, nội dung ca ngợi đạo Phật, phong cảnh chùa, thuyết giáo về điều thiện của đạo Phật...

Chùa có sức hấp dẫn lạ thường với dân địa phương và các phật tử vì chùa tu theo Mật tông. Nó thoả mãn được sự đốn ngộ của Phật, sự ban phúc của các thiên thần, sự xá tội của các địa thần, sự giải ách của các thuỷ thần. Nào bùa chú, phù phép, lập đàn giải hạn, chùa đều đáp ứng.

Tịnh độ chỉ quy nói rõ: Pháp tạng của chư Phật có Hiển có Mật. Hiển là chỉ Thập nhị bộ kinh, Tam tạng thánh giáo. Mật là chỉ đàn tràng tác pháp, tụng trì bí mật, quyết thủ thần hiệu.

Như vậy, Phật giáo có hai tông phái chính là Hiển tông và Mật tông. Chùa Mật Dụng tu theo Mật tông nghĩa là ở đây lập đàn tràng tác pháp, tụng trì bí mật, quyết thủ thần hiệu.

Mật tông là yếu tố không thể thiếu được của Phật giáo Việt Nam.

Ngay từ thời Lý đã có nhiều nhà sư chịu ảnh hưởng của Mật tông như Từ Đạo Hạnh, Nguyễn Minh Không, Giác Hải… Các nhà sư này lập đàn tràng cầu đảo, bắt ma trừ tà, phù chú chữa bệnh, giống như những đạo sĩ. Rất tiếc, ở chùa Mật Dụng không đủ tư liệu để khảo cứu về lịch sử chùa và các sư tổ trụ trì ở đây.

Chùa Mật Dụng tu theo Mật tông rất gần với tư tưởng Tam giáo.

Đến thời Lê Trung hưng và Tây Sơn, tư tưởng này càng được đề cao. Trúc Lâm tông chỉ nguyên thanh của Ngô Thì Nhậm là sự hoà đồng của tư tưởng này. Yếu tố Mật giáo lại được phát triển. Quả chuông thời Tây Sơn ghi rõ: “Công việc lớn lao hoàn thành, cốt để chấn hưng Quan giáo. Điều quan trọng là tuy các giáo có khác nhau nhưng vui làm việc thiện thì tất cũng cùng một ý”. Trong chùa còn đôi câu đối làm sáng tỏ thêm:

                        Thiên, Địa, Thuỷ, Vạn linh, Đạo tràng vân tập

                        Phật, Pháp, Tăng, Tam bảo, Liên toạ như lai.

Tạm dịch:

                        Thiên, Địa, Thuỷ, Vạn linh, Đạo tràng lũ lượt

                        Phật, Pháp, Tăng, Tam bảo, Liên toạ như lai.

Đạo tràng lập nên cầu Thiên quan, Địa quan, Thuỷ quan, các thần linh lũ lượt kéo về. Tam bảo có Phật, Pháp, Tăng, tại liên hoa đài thượng chư phật cùng đến. Ý câu đối này là lập đàn tràng cầu Phật cầu Tiên ban phúc cho chúng sinh, bảo hộ chúng sinh.

Hiện nay, nhìn vào hệ thống tượng Phật, cách trì tụng của các sư, ta thấy chùa Mật Dụng hoàn toàn giống như các thiền tự khác. Chỉ có tư liệu Hán – Nôm như hoành phi, câu đối, bia đá, chuông khánh… ở đây mới gợi cho ta hiểu thêm về yếu tố Mật tông của chùa và của Phật giáo Việt Nam.

Chùa Mật Dụng là một kiến trúc Phật giáo còn giữ được gần như nguyên vẹn, từ kiến trúc đến tượng Phật, đồ tế khí. Đây là một di tích quý cho việc nghiên cứu Phật giáo ở Thủ đô cần được bảo lưu, tôn tạo thành một địa điểm tham quan du lịch và nghiên cứu khoa học. Chùa đã được công nhận là di tích lịch sử - văn hóa năm 1989.

Hoài Anh tổng hợp