Mô hình nhà nước quân chủ trung ương tập quyền đã hình thành từ thời Đinh, phát triển qua thời Lý và được nhà Trần tiếp thu và phát triển ngày càng cao hơn. Ngay từ khi mới thành lập, tình hình chính trị trong nước có nhiều phức tạp. Dư âm từ việc sụp đổ của nhà Lý và “cướp ngôi” của nhà Trần vẫn còn đậm nét trong xã hội. Các thế lực cát cứ: Đoàn Thượng (Hải Dương), Nguyễn Nộn (ở Bắc Giang) vẫn chưa chiụ khuất phục. Do đó nhà Trần phải nhanh chóng thực hiện  trấn áp bằng quân sự.  Đến tháng 3/1229 thiên hạ của nhà Trần mới thực sự quy về một mối. Sau khi những thế lực chống đối đã được giải quyết, công việc quan trọng hàng đầu của nhà Trần là tập trung xây dựng và củng vố vương triều. Đầu tiên vua Trần Thái Tông đã bắt tay ngay vào việc củng cố bộ máy chính quyền nhà nước. Nhà Trần chủ trương dùng người tôn thất làm trụ cột của triều đình. Triều đình bắt đầu địnhquan hàm các bậc đại thần. Quan đại thần có Tam Công (Thái sư, Thái phó và Thái bảo), Tam Thiếu (Thiếu sư, Thiếu phó và Thiếu bảo), Thái úy, Tư đồ, Tư mã, Tư không. Đứng đầu hai ban văn võ đều do các bậc tôn thất nắm giữ.

Bộ máy triều đình trung ương nhà Trần được tổ chức khá hoàn chỉnh và đứng về danh hiệu quan tước, có phần mô phỏng thiết chế của nhà Tống. Đứng đầu nhà nước là vua, dưới vua có Tể tướng (phải là người tôn thất, là người “hiền năng trong tôn thất, có đạo đức, tài nghệ, thông hiểu thi thư” (Đại Việt sử ký toàn thư, tạp II. Nhà xuất bản Khoa học xã hội, trang 21), tiếp sau là Thứ tướng, Tri mật viện sự và Hành khiển môn hạ sảnh. Bên dưới là hai hàng quan văn võ, đứng đầu là một số trọng chức gồm Tam thái, Tam công, Tam thiếu (hay Tam cô). Những cơ quan chức năng thời Viện, Đài, Ty, Sảnh, Cục, Quán...

Viện: Thẩm hình viện, Tuyên huy viện, Tập hiền viện, Quốc sử viện, Hàn lâm viện, Tam ty viện, Quốc học viện, Nội mật viện

Đài: Ngự sử đài có các chức Thị ngự sử, Giám sát sử, Ngự sử trung tán, Ngự sử trung thừa, Ngự sử đại phu, Chủ thư ngự sử. Ngự sử đài có chức năng giữ phong hóa, pháp độ nên các chức vị này rất quan trọng.

Ty bao gồm Thái y ty, Thái chúc ty.  Đây là cơ quan hành chính tư pháp (được đặt ra năm 1230 với tên gọi là Bình Bạc ty, được đặt ở kinh đô Thăng Long).

Sảnh có: Trung thư sảnh, Môn hạ sảnh, Thượng thư sảnh, Bí thư sảnh, Nội thị sảnh.

Cục có: Thái sử cục, Chi hậu cục, Nội thư hoả cục.

Quán có: Tam quán học sinh.

Các chức quan này của nhà Trần không phải được đặt ra ngay từ đầu khi thành lập vương  triều mà được định hình trong quá trình xây dựng và phát triển đất nước. Trước những yêu cầu của thực tiễn trong việc trị vì và quản lý đất nước, các vua nhà Trần đã định ra các chức quan và phẩm hàm. Cụ thể như sau: năm 1226 trao phẩm cấp cho các quan văn võ và tụng quan theo các thứ bậc khác nhau. Các quan lại cứ 10 năm được thăng lên một hàm và 15 năm mới được lên một chức. Năm  1230 đặt Bình Bạc Ty; năm 1236 vua Trần Thái Tông ban hành quy định về định quan hàm cho các đại thần: Các quan văn, quan võ trong ngoài và các quan ở cung điện lăng miếu được quy định cấp bổng bằng tiền, mức độ tùy theo cấp bậc. Năm 1242, đặt chức An phủ hoặc Trấn phủ. Năm 1244 đặt các quan chức chính quyền cấp địa phương. Năm 1248 đặt chức quan Hà đê chịu trách nhiệm trông coi quản lý việc đắp đê. Năm 1250 đặt các chức Ngự sử đại phu, Ngự sử Trung tướng. Năm 1254 nhà vua ban hành quy định về xe kiệu, mũ áo và người hầu của các tôn thất và các quan theo các thứ bậc khác  nhau.

Cùng với việc củng cố bộ máy chính quyền trung ương, sau khi  lên nắm chính quyền một thời gian nhà Trần đã thực hiện cải cách về tổ chức hành chính. Theo đó, bộ máy chính quyền địa phương cũng được sắp xếp lại có qui củ và hệ thống chặt chẽ hơn, thống nhất hơn. Cả nước chia làm 12 lộ trên phạm vi 24 lộ thời Lý, đứng đầu là chức An phủ sứ. Riêng vùng kinh thành Thăng Long được coi như một phủ đặc biệt với Ty bình bạc, năm 1265 đổi làm Kinh sư An phủ sứ, rồi lại đổi làm Kinh sư Đại doãn. Chức quan đứng đầu kinh thành được tuyển chọn chặt chẽ, phải trải qua chức An phủ sứ các lộ, rồi An phủ sứ phủ Thiên Trường và kinh qua Thẩm hình viện, sau đó mới được xét bổ nhiệm.

Dưới lộ có phủ, châu, rồi đến hương hay huyện, cuối cùng là xã. Miền núi còn có trại, sách. Năm 1297 nhà Trần đổi giáp thành hương. Như vậy hương là một cấp hành chính còn tồn tại phổ biến dưới triều Trần, gần tương đương như huyện. Mỗi đơn vị hành chính đều có cấp chính quyền tương ứng: phủ có chức Trấn phủ sứ, châu có chức Thông phán, Thiêm phán, huyện có chức Lệnh uý, Chủ bạ. Chính quyền cơ sở là xã được nhà Trần quản lý chặt chẽ hơn trước. Năm 1242 nhà Trần đặt chức Đại tư xã hàm ngũ phẩm và Tiểu tư xã hàm lục phẩm, quản lý từng xã hoặc từng cụm gồm hai, ba, bốn xã. Ngạch xã quan có Xã chính, Xã sử, Xã giám. Năm 1397 Nhà nước bỏ chức Đại tư xã, Tiểu tư xã, nhưng vẫn giữ chức Quản giáp như đời Lý.

Nhìn chung, dưới triều Trần,mô hình nhà nước trung ương tập quyền từ trung ương đã quy củ và hoàn thiện hơn so với triều Lý. Điều đó phản ánh bước phát triển và tính chất “đồng tộc” trong cơ cấu tổ chức của bộ máy nhà nước thời Trần trong quá trình xây dựng đất nước.

Hoàng Tống