Ngay khi Pháp chiếm 3 tỉnh Đông Nam Kỳ, phần lớn thí sinh trường thi Hương Hà Nội khóa 1864 đã vứt bỏ lều chõng không chịu vào trường thi, xin được vào Nam giết giặc. Đầu tháng 11/1873, F.Garnier đem quân tới Hà Nội. Chỉ 15 ngày sau, sáng 20/11/1873 y nổ súng. Do từ lâu, triều đình chủ hòa nên thành trì không được phòng thủ thích đáng, Garnier đã chiếm được thành, tướng chỉ huy là Nguyễn Tri Phương đã hy sinh anh dũng. Nhưng nhân dân không chịu bó tay, đã tự động nổi dậy kháng Pháp, khép chặt vòng vây và ngày 21/12/1873, phối hợp với quân Cờ Đen, đã tiêu diệt Garnier ở Cầu Giấy.

          Song triều đình Huế, trước sau chỉ lo việc cầu hòa, không nghĩ đến việc kháng Pháp. Họ nhường cho Pháp khu Đồn Thủy (khu vực Bảo tàng Lịch sử và bệnh viện Việt – Xô hiện nay) làm nhượng địa ( concession ). Năm 1882 Henri Rivière được phái đến Hà Nội làm nhiệm vụ của Garnier.  Y gửi tối hậu thư cho tổng đốc thành Hà Nội là Hoàng Diệu đòi nộp thành. Mặc dầu không được lệnh của triều đình Huế, Hoàng Diệu đã lãnh đạo quân đội và nhân dân chống cự một cách quyết liệt và tuẫn tiết. Rivière chiếm thành ngày 25/4/1882  nhưng nhân dân Hà Nội liên tục chiến đấu. Một lần nữa, phối hợp với quân Cờ Đen, quân dân Hà Nội đã tiêu diệt Rivière ở Cầu Giấy (19/5/1883).

            Trong tình hình ấy, nếu triều đình Huế cho quân tiếp viện thì có thể thừa thắng tiêu diệt hết tàn quân Pháp và giải phóng Hà Nội. Nhưng Tự Đức vẫn chỉ hy vọng lấy lại Hà Nội bằng con đường “hòa hiếu” và ký hiệp ước bán nước năm 1884, công nhận sự đô hộ của người Pháp trên toàn Việt Nam.

           Nhân dân Hà Nội cũng như nhân dân toàn quốc không chịu khuất phục. Năm 1898 đã  nổ ra một cuộc khởi nghĩa, đánh chiếm được đồn lính Ngọc Hà. Ngoài đấu tranh vũ trang, tư tưởng canh tân đất nước đã diễn ra dưới nhiều hình thức. Năm 1907, một tổ chức yêu nước là Đông Kinh Nghĩa Thục với chủ trương chống Pháp bằng con đường giáo dục lòng yêu nước, dưới hình thức một trường học kiểu mới, được nhân dân Hà Nội nhiệt liệt hưởng ứng.

           Phong trào Đông Kinh nghĩa Thục lan rộng ra nhiều nơi. Thực dân Pháp rất sợ ảnh hưởng chính trị của Đông Kinh Nghĩa Thục nên tháng 12/1907, chúng ra lệnh đóng cửa trường này.

       Một năm sau đó (1908), những người yêu nước ở Hà Nội đã liên lạc với cuộc khởi nghĩa Yên Thế của cụ Hoàng Hoa Thám ở Bắc Giang  tổ chức vụ Hà Thành đầu độc. Theo kế hoạch đã định thì người phụ trách nấu bếp bỏ thuốc độc vào thức ăn của binh lính Pháp. Khi chúng đã bị trúng độc sẽ bắn súng báo hiệu cho quân khởi nghĩa ở bên ngoài.  Nhưng kế hoạch bị lộ. Những người tham gia khởi nghĩa bị bắt, nhiều người bị xử án chém.

         Năm 1925, ở Hà Nội lại xảy ra một sự kiện chính trị làm náo động dư luận toàn quốc và gây nên một phong trào đấu tranh chính trị sôi nổi trong cả nước. Đó là các cuộc biểu tình đòi để tang nhà chí sỹ yêu nước  Phan Chu Trinh và đòi thả cụ Phan Bội Châu. Trước làn sóng công phẫn của nhân dân, toàn quyền Varenne đã phải ký giấy trả tự do cho nhà yêu nước này.

          Cũng năm 1925, một nhóm trí thức yêu nước đã lập ra một tiệm sách và cơ sở in ấn ở gần bờ hồ Trúc Bạch với chủ trương chống lại chế độ bảo hộ của người Pháp tại Đông Dương. Tiệm sách mang tên Nam Đồng Thư Xã do Phó Đức Chính, Phạm Tuấn Lâm, Phạm Tuấn Tài, Hoàng Phạm Trân ( Nhượng Tống) là nòng cốt. Sau này vào tháng 10 / 1927, họ chính thức lập ra một đảng bí mật với chủ trương lật đổ chính quyền thực dân Pháp ở Đông Dương và lập một chính thể cộng hòa. Lúc đầu hội lấy tên là "Chi bộ Nam Đồng Thư xã" với 12 hội viên, chia nhau đi vận động ở những tỉnh thành Bắc Kỳ và bắc Trung Kỳ. Đến ngày 25 Tháng Chạp năm 1927, Nam Đồng Thư xã mở một đại hội triệu tập các hội viên và Nguyễn Thái Học được bầu làm chủ tịch của tổ chức này. Tổ chức mang tên Việt Nam Quốc dân Đảng. Thời điểm đó cũng là lúc Nam Đồng Thư xã chấm dứt hoạt động, nhường chỗ cho một tổ chức quy mô hơn với mục tiêu chính trị rõ ràng.  Sau vụ bạo động Yên Bái ( 1930 ) thất bại, hoạt động của tổ chức tắt hẳn. Một số yếu nhân tán thành hoặc đi theo con đường của chủ nghĩa cộng sản như Phạm Tuấn Tài, Trần Huy Liệu. ( Vũ Khiêu chủ biên, 2002)

                                                                                                                                        Lê Sơn